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特別料金には特急料金や座席指定料金，個室料金などが含まれます． 特急料金は，現行のＪＲ特急料金と新幹線特急料金を参考に，現在よりも若干安くなるように設定をしました． |
| 特急料金 | |||||
| 営業キロ | 特急料金 | RailStar号料金 | 営業キロ | 特急料金 | RailtStar号料金 |
| 〜５０ｋｍ | ５００円 | １５００円 | 〜７００ｋｍ | ３８００円 | ６０００円 |
| 〜１００ｋｍ | ７５０円 | 〜８００ｋｍ | ４０００円 | ６５００円 | |
| 〜１５０ｋｍ | １０００円 | ２５００円 | 〜９００ｋｍ | ４３００円 | ７０００円 |
| 〜２００ｋｍ | １５００円 | 〜１０００ｋｍ | ４５００円 | ７５００円 | |
| 〜３００ｋｍ | ２０００円 | ３５００円 | 〜１１００ｋｍ | ４８００円 | ８０００円 |
| 〜４００ｋｍ | ２５００円 | ４５００円 | 〜１２００ｋｍ | ５０００円 | ８５００円 |
| 〜５００ｋｍ | ３０００円 | ５０００円 | １２００ｋｍ以上 | ４７００円 | ９０００円 |
| 〜６００ｋｍ | ３５００円 | ５５００円 | 個室料金：定員分のRailStar号料金(全ての列車で共通) | ||
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※全車指定，座席指定料金・特別車両料金合計５００円を含む駅窓口で購入した場合の料金． ※車内で購入した場合は手数料３００円が加算される．また，座席は指定されないため空席利用となる． ※１時間以上遅延した場合は，座席指定料金・特別車両料金の５００円を除いた全額が払い戻しとなる． ※RailStar号＝現在の「のぞみ」と２０１１年春運転開始の「さくら」に相当する．専用車両ＮＸ７００系で運行されることになっているため，都合によりほかの車両に変わった場合は払い戻しがある． ※蛇足だが，ＪＳＥ西日本の車両がＪＳＥ東日本に乗り入れると全車両グリーン車扱いである．これは，基本的に２＋２シートであることと，ほとんどの列車にエンターテイメントシステムが導入されているため． |
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| そのほかの料金 | ||
| 項目 | 料金 | 備考 |
| 座席指定料金 | ３００円 | ・リクライニングシートを使用している車両が普通・快速に使われる場合に適用． |
| 急行料金 | ５００円 |
・座席指定料金を含む ・料金は営業キロに関わらず均一 ・特急列車で実施されている一部のサービスは使えない．（一部のエンターテイメントコンテンツなど） ・急行列車に対するポイントや割引はない．（多客期の格安列車という位置づけのため） ・個室は営業キロに応じたRailStar号の料金が人数分必要 |
| 深夜料金 | １０００円 |
・夜行列車で，乗車時間がおおむね０時から５時にかかる場合に必要．（必要な列車・区間は時刻表に記載がある） ・基本的にリクライニングシートを装備した車両が使用される． ・この料金が必要な列車はＪＳＥ西日本（新幹線）の線路ではなく，ＪＲ線などの平行在来線や物流高速鉄道線を経由するケースが多い． |
| 寝台料金 |
（昼間）２０００円 （夜間）３０００円 |
・カプセルルーム．寝具と地上デジタル放送対応のテレビ付き． ・夜間の料金には深夜料金を含む． |
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２００９年春のダイヤ改正で人気の高かった夜行列車「ムーンライトながら」「ムーンライトえちご」が臨時列車になったことは記憶に新しいかと思います．寝台特急や長距離を走る快速列車が軒並み削減されていますが，果たしてＪＲは損をしていないのか・・・？ それに対して躍進しているのが高速バスです．私鉄各社のバスもありますが，ＪＲバスの高速バスも数多く走っているのはご存知でしょうか？ＪＲ線のきっぷでは乗ることができませんが，同じ区間で特急に乗るよりも安く，確実に座っていけるというメリットがあります．恐らくではありますが，初期投資が大きい（＝リスクが高い）新型の鉄道車両投入よりも，初期投資が小さくて済む高速バスで「安くしかも速く移動したい」という要望に応えていると考えられます． ただ，残念なことに鉄道ほど高速バスは認知されていないのが現状です．例えば，大阪から名古屋に行こうと考えた場合，ほとんどの人はまず新幹線か近鉄特急の空席を調べようとするでしょう．東海道本線の時刻表の下に，東名高速バスや名神高速バスの時刻表を載せるなどすれば，かなり乗車率が上がるのではないかとおもいます． |